La storia della Farmacia Vaticana ebbe inizio nel 1874. Il 2 marzo di quell'anno il Cardinale Giacomo Antonelli, a nome del Papa, chiese al Superiore Generale dei Fatebenefratelli, fra Giovanni Maria Alfieri, di mettere a disposizione un confratello farmacista per garantire un servizio di distribuzione dei medicinali destinato al Pontefice e alla Corte Pontificia.

Il 4 marzo fra Alfieri si presentò dal Cardinale accompagnato da fra Eusebio Frommer, religioso tedesco esperto e scrupoloso, allora impegnato presso la farmacia dell'Isola Tiberina, che fu nominato responsabile del nuovo servizio farmaceutico.

Con il passare degli anni l'attività crebbe costantemente e, nel 1892, si rese necessaria l'istituzione stabile della prima comunità dei Fatebenefratelli in Vaticano. Oltre alla gestione dei medicinali, i religiosi fornivano assistenza infermieristica al Papa, ai Cardinali e ai Vescovi residenti nello Stato Pontificio.

La comunità fu inizialmente ospitata nei locali al piano terra del Cortile di San Damaso. Nel 1917, per rispondere alle crescenti esigenze operative, la Farmacia venne trasferita in spazi più ampi e funzionali, situati nelle vicinanze dell'ingresso di Sant'Anna.

Nel 1929, anno della firma dei Patti Lateranensi, la Farmacia fu nuovamente trasferita in una sede più grande all'interno del Palazzo del Belvedere. I nuovi locali furono inaugurati il 7 febbraio 1930 alla presenza di Monsignor Zampini, Vicario Generale di Sua Santità per la Città del Vaticano.

Nel corso del tempo la struttura è stata oggetto di importanti interventi di rinnovamento e ammodernamento, realizzati negli anni 1964, 1987 e 2019.

A oltre 150 anni dalla sua fondazione, sotto la guida dell'attuale direttore, fra Thomas Binish Mulackal, e del vice direttore, fra Marcin Cegla, la Farmacia Vaticana continua il proprio percorso di crescita e innovazione. L'introduzione di nuove tecnologie, sistemi automatizzati e soluzioni avanzate per la gestione del servizio si affianca alla costante attenzione verso la persona, nel pieno rispetto della missione umanitaria che da sempre caratterizza l'Ordine dei Fatebenefratelli.

Il 16 Dicembre 2024, poco prima dell'apertura del Giubileo, è stata inaugurata la Parafarmacia Vaticana. Situata a pochi passi dalla Basilica di San Pietro, rappresenta un punto di riferimento accessibile e affidabile per la salute e il benessere di pellegrini e turisti provenienti da tutto il mondo.